Добавить новость

Август 2011
Сентябрь 2011
Октябрь 2011
Ноябрь 2011
Декабрь 2011
Январь 2012Февраль 2012Март 2012Апрель 2012Май 2012Июнь 2012
Июль 2012
Август 2012
Сентябрь 2012
Октябрь 2012
Ноябрь 2012Декабрь 2012Январь 2013Февраль 2013Март 2013Апрель 2013Май 2013Июнь 2013Июль 2013Август 2013Сентябрь 2013Октябрь 2013Ноябрь 2013Декабрь 2013
Январь 2014
Февраль 2014
Март 2014
Апрель 2014
Май 2014
Июнь 2014Июль 2014Август 2014Сентябрь 2014Октябрь 2014Ноябрь 2014
Декабрь 2014
Январь 2015
Февраль 2015
Март 2015Апрель 2015Май 2015Июнь 2015Июль 2015
Август 2015
Сентябрь 2015
Октябрь 2015
Ноябрь 2015
Декабрь 2015
Январь 2016
Февраль 2016
Март 2016
Апрель 2016
Май 2016Июнь 2016Июль 2016
Август 2016
Сентябрь 2016
Октябрь 2016
Ноябрь 2016
Декабрь 2016Январь 2017
Февраль 2017
Март 2017
Апрель 2017
Май 2017
Июнь 2017Июль 2017
Август 2017
Сентябрь 2017
Октябрь 2017
Ноябрь 2017
Декабрь 2017
Январь 2018
Февраль 2018
Март 2018
Апрель 2018
Май 2018
Июнь 2018
Июль 2018
Август 2018
Сентябрь 2018
Октябрь 2018
Ноябрь 2018Декабрь 2018
Январь 2019
Февраль 2019Март 2019
Апрель 2019
Май 2019Июнь 2019Июль 2019Август 2019Сентябрь 2019Октябрь 2019Ноябрь 2019Декабрь 2019Январь 2020Февраль 2020Март 2020Апрель 2020Май 2020Июнь 2020Июль 2020Август 2020Сентябрь 2020Октябрь 2020Ноябрь 2020Декабрь 2020Январь 2021
Февраль 2021
Март 2021
Апрель 2021
Май 2021
Июнь 2021
Июль 2021
Август 2021
Сентябрь 2021
Октябрь 2021
Ноябрь 2021
Декабрь 2021
1234567891011121314151617181920
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
Блоги |

Коронавирус в Манаусе

Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic

Давно собирался написать про эту статью, но руки не дошли на праздинках. Сейчас это уже наверно не так актуально, тем не менее в статье есть интересные картинки, которые полезно будет поразглядывать.

Авторы протестировали на антитела к SARS-2 образцы от доноров крови в двух городах в Бразилии - столице Манаусе и большом городе Сан-Паулу (он по размеру в 6 раз больше столицы). В Сан-Паулу очень быстро ввели меры по борьбе с распространением вируса, в Манаусе же ограничений почти не вводили полагаясь на то, что люди сами будут дистанцироваться, но в итоге вирус распространялся почти беспрепятственно. В Манаусе случилась резкая вспышка инфекций в мае, а в Сан-Паулу кривую "размазали" на все лето.

Характеристика тестов
Авторы использовали тест на антитела компании Abbott, который дает не просто качественный результат (есть/нет), но и количество антител. Мне часто приходится объяснять людям что специфичность (способность отсеивать ложно-положительные результаты) и чувствительность (способность отсеивать ложно-отрицательные результаты) зависят обратно друг от друга, чем одна выше тем другая ниже. И вот на этой картинке это хорошо видно.


Каждая точка это образец, чем она выше - тем выше титр антител. Слева образцы собранные до появления SARS-2, в середине - тяжелые больные через > 20 дней после симптомов, справа - больные с мягкими симптомами через 20-50 дней после симптомов.


Видно, что сигналы для каждого типа образцов лежат на градиенте, причем градиенты эти для положительных и отрицательных образцов немного перекрываются. Исходно граница между положительными и отрицательными результатами для теста Abbott была выставлена по верхней линии (1.4) и видно, что таким образом была оптимизирована специфичность (99.9%), но при этом теряется чувствительность (91.8%), особенно для образцов от людей с мягкими симптомами (84.5%). Авторы решили что для их целей имеет смысл перебалансировать тест и выставить уровень положительности на 0.4, что привело к специфичности в 96.7%, и чувствительности 95.9% и 92.2%. Итоговые анализы делали и так и эдак, мы это еще ниже увидим.

Сырые результаты
Вот так выглядят результаты полученные из исследованных образцов.


Слева результаты для Манауса, справа - для Сан-Паулу. Внизу указаны даты сбора образцов (их собирали не в один день, но авторы сгруппировали их помесячно).


Что мы видим - в Манаусе резкая вспышка положительности на антитела в мае, но потом это распределение постепенно "сползает" вниз. Как такое может быть? Это тот самый феномен о котором много раз уже писали - титры антител после инфекции всегда идут вниз и видно, что начинает появляться большое количество точек в "желтой" зоне, которые по официальной границе теста Abbott уже записали бы в отрицательные, но тут хорошо видно, что их слишком много для "настоящих отрицательных" (процент которых виден по февральским образцам). Это переболевшие, у которых титр антител постепенно упал. Стоит отметить, что и проценты таких людей и динамика пропадания антител являются индивидуальными характеристиками каждого теста, эти результаты нельзя распространять на все тесты на антитела. Сдвиг границы на 0.4 существенно улучшает способность теста уловить таких людей, хотя и не решает проблему полностью.

Также отмечу, что для Сан-Паулу такого эффекта не видно, потому что там он "скрыт" постоянным пополнением группы зараженных новыми инфекциями. Но он, конечно, есть.

Авторы нашли образцы которые повторно были взяты у одних и тех же людей и по ним сделали статистическую модель, которую они потом использовали для того, чтобы оценить для каждого месяца после основной вспышки, какой процент переболевших людей не детектировался их тестом как имеющие антитела. Они также сделали поправку на то, что доноры крови отличаются по половому и возрастному составу от всего населения.

Конечный результат
Итак, что они получили:


Слева опять Манаус, справа - Сан-Паулу. Заштрихованный контур это ежедневная смертность на 100 тыс человек. Голубо-зеленые точки (они рядом, поэтому разница между ними не очень важна) - это проценты людей положительных на антитела при использовании стандартной границы чувствительности для теста (1.4). Желто-оранжевые точки - это проценты людей положительных на антитела при использовании более низкой границы чувствительности. И красные точки - это скорректированный подсчет числа переболевших людей с учетом того, что многие переболевшие в апреле-мае стали через несколько месяцев отрицательными на тесте на антитела даже при использовании пониженной границы чувствительности.


Общий результат - по оценкам авторов в Манаусе к декабрю коронавирусом переболели 76% населения. Интересно, что в декабре там вроде бы опять случилась очередная вспышка инфекций (пишут в новостях, сам я цифры найти не смог). В городе недавно введено чрезвычайное положение в связи с этим. С одной стороны это наводит на мысли о том, что популяционный иммунитет даже при таком проценте зараженных не достигнут, хотя исходя из R0 предсказывали 60-70%. Возможно что проблема в этих самых "исчезающих антителах", особенно среди переболевших с мягкими симптомами. С другой стороны, достижение этих 60-70% не означает, что вирус больше распространяться совсем не может, это означает лишь что в среднем во всей популяции каждый заразившийся заражает меньше одного человека. Однако в отдельных местах большого скопления людей эффективное R может оставаться выше единицы. Кроме того, пишут что в Манаус стекаются заболевшие люди со всех окружающих городков и деревень в надежде не лечение. Ну и наконец, остается также возможность что авторы где-то накосячили и на самом деле процент переболевших существенно ниже полученных ими 76%.

И еще на основе этой работы важно опять подчеркунть некорректность использования "в лоб" тестов на антитела для оценки процента переболевших. Сначала нужно как это сделали авторы провести тщательный анализ на динамику результатов теста после инфекции и делать соответствующие поправки.




Читайте также

Интернет |

Представлен 165-Гц монитор AOC AG323QCX2

Авто |

Свежий Hyundai Santa Fe обновит атмосферники в России

Авто |

Все новые модели Peugeot получат высокопроизводительные версии



News24.pro и Life24.pro — таблоиды популярных новостей за 24 часа, сформированных по темам с ежеминутным обновлением. Все самостоятельные публикации на наших ресурсах бесплатны для авторов Ньюс24.про и Ньюс-Лайф.ру.



Разместить свою новость локально в любом городе по любой тематике (и даже, на любом языке мира) можно ежесекундно с мгновенной публикацией самостоятельно — здесь.