Блоги |
Возможное объяснение распространения дельты
Viral infection and transmission in a large well-traced outbreak caused by the Delta SARS-CoV-2 variant
Препринт, о котором я узнал из TWIV. Уже много раз рекомендовал этот подкаст, и еще раз порекомендую. Обычные эпизоды в нем довольно длинные и насыщенные наукой, но у них также есть еженедельные выпуски с Дэниелом Гриффином, врачем в НЙ, и эти эпизоды по 30-40 минут сконцентрированной и более практической информации. Очень советую их слушать если вы понимаете по-английски и особенно если находитесь в Штатах. Он там и на присланные вопросы отвечает.
Итак, статья. Все уже знают, что вариант дельта довольно быстро вытесняет все остальные варианты в тех местах, куда он попадает. Это часто описывается словами "дельта вариант более заразный", но слово "заразный" не очень хорошо определено даже с научной точки зрения, и уж тем более в новостных статьях.
Лично для меня "более заразный" означает следующее. Допустим мы имеем модель инфекции и заражаем экспериментально животных или людей вводя им вирус определенным образом (например вбрызгивая в нос). В такой модели можно получить цифру, что например для того, чтобы в экспериментальной группе заражалось 50% животных следует использовать 100 вирусных частиц. Если для вирусного варианта эта цифра ниже, например 50 вирусных частиц, то он более заразный. Следует отметить, что это очень техническое определение с очень конкретным смыслом, но при этом данные цифры реально могут ничего не означать для распространения вируса в популяции. Вирус может быть "более заразен" в этой системе, но хуже распространяться в популяции.
Почему? Потому что распространение вируса в популяции это очень многофакторный процесс, причем зависящий не только от вируса, но и от популяции в которой он распространяется. На него влияют: время от инфекции организма до появления инфекционных частиц, общее количество выделяемого вируса, длительность выделения вируса, биология связанная с распространением, описанная выше "заразность", стабильность вируса в окружающей среде, качественные и количественные изменения в симптомах, и еще много чего. И эти факторы могут быть связаны между собой, так что изменение одного из них может вести к изменению (вверх или вниз) других.
В этой статье сравнили пару таких факторов для дельты и для первоначального вируса. Получили такие вот картинки:
Время от предположительной инфекции до первого положительного ПЦР теста. Голубым цветом исходный вариант, для него данные не очень красивые, аж три горба видны - на день 3, 5, и 8, но в среднем выходит примерно 6 дней. Розоватым цветом - вспышка в этом году, практически вся состоящая из дельты, тут явный пик на 3, 4, 5 днях.
Количество вирусной РНК определяемой в первом положительном ПЦР тесте. Тут отложены циклы ПЦР, поэтому чем ниже ниже точка, тем больше вируса. Каждый цикл это отличие в два раза. Разброс большой, но средняя разница между исходным вирусом и дельта вариантом - примерно на 10 циклов, т.е. в 1000 раз.
Исходя из этих данных можно предположить, что одно из отличий варианта дельта в том, что зараженный человек гораздо быстрее становится заразным и это сокращает цикл передачи от человека к человеку и ведет к ускоренному распространению этого варианта по сравнению с исходным вирусом. Это пока лишь гипотеза, потому что строго говоря, эти данные лишь о количестве вирусной РНК, а не об инфекционном вирусе. И конечно, это вполне возможно не единственное и не главное отличие варианта дельта. Но это интересные данные.
Предупреждая возможные вопросы. Нет, это не означает, что вариант дельта в 1000 раз более заразный в бытовом смысле этого слова, как иногда говорят - достаточно на улице пройти мимо зараженного человека и ты заразишься. Мы не знаем, как эти цифры на ПЦР соотносятся с вероятностью заразиться. Более того, наблюдаемое отличие - это отличие при первом ПЦР тесте. Вполне возможно что исходный вирус тоже достигает подобных количеств, просто делает это несколько медленней дельты.
Препринт, о котором я узнал из TWIV. Уже много раз рекомендовал этот подкаст, и еще раз порекомендую. Обычные эпизоды в нем довольно длинные и насыщенные наукой, но у них также есть еженедельные выпуски с Дэниелом Гриффином, врачем в НЙ, и эти эпизоды по 30-40 минут сконцентрированной и более практической информации. Очень советую их слушать если вы понимаете по-английски и особенно если находитесь в Штатах. Он там и на присланные вопросы отвечает.
Итак, статья. Все уже знают, что вариант дельта довольно быстро вытесняет все остальные варианты в тех местах, куда он попадает. Это часто описывается словами "дельта вариант более заразный", но слово "заразный" не очень хорошо определено даже с научной точки зрения, и уж тем более в новостных статьях.
Лично для меня "более заразный" означает следующее. Допустим мы имеем модель инфекции и заражаем экспериментально животных или людей вводя им вирус определенным образом (например вбрызгивая в нос). В такой модели можно получить цифру, что например для того, чтобы в экспериментальной группе заражалось 50% животных следует использовать 100 вирусных частиц. Если для вирусного варианта эта цифра ниже, например 50 вирусных частиц, то он более заразный. Следует отметить, что это очень техническое определение с очень конкретным смыслом, но при этом данные цифры реально могут ничего не означать для распространения вируса в популяции. Вирус может быть "более заразен" в этой системе, но хуже распространяться в популяции.
Почему? Потому что распространение вируса в популяции это очень многофакторный процесс, причем зависящий не только от вируса, но и от популяции в которой он распространяется. На него влияют: время от инфекции организма до появления инфекционных частиц, общее количество выделяемого вируса, длительность выделения вируса, биология связанная с распространением, описанная выше "заразность", стабильность вируса в окружающей среде, качественные и количественные изменения в симптомах, и еще много чего. И эти факторы могут быть связаны между собой, так что изменение одного из них может вести к изменению (вверх или вниз) других.
В этой статье сравнили пару таких факторов для дельты и для первоначального вируса. Получили такие вот картинки:
Время от предположительной инфекции до первого положительного ПЦР теста. Голубым цветом исходный вариант, для него данные не очень красивые, аж три горба видны - на день 3, 5, и 8, но в среднем выходит примерно 6 дней. Розоватым цветом - вспышка в этом году, практически вся состоящая из дельты, тут явный пик на 3, 4, 5 днях.
Количество вирусной РНК определяемой в первом положительном ПЦР тесте. Тут отложены циклы ПЦР, поэтому чем ниже ниже точка, тем больше вируса. Каждый цикл это отличие в два раза. Разброс большой, но средняя разница между исходным вирусом и дельта вариантом - примерно на 10 циклов, т.е. в 1000 раз.
Исходя из этих данных можно предположить, что одно из отличий варианта дельта в том, что зараженный человек гораздо быстрее становится заразным и это сокращает цикл передачи от человека к человеку и ведет к ускоренному распространению этого варианта по сравнению с исходным вирусом. Это пока лишь гипотеза, потому что строго говоря, эти данные лишь о количестве вирусной РНК, а не об инфекционном вирусе. И конечно, это вполне возможно не единственное и не главное отличие варианта дельта. Но это интересные данные.
Предупреждая возможные вопросы. Нет, это не означает, что вариант дельта в 1000 раз более заразный в бытовом смысле этого слова, как иногда говорят - достаточно на улице пройти мимо зараженного человека и ты заразишься. Мы не знаем, как эти цифры на ПЦР соотносятся с вероятностью заразиться. Более того, наблюдаемое отличие - это отличие при первом ПЦР тесте. Вполне возможно что исходный вирус тоже достигает подобных количеств, просто делает это несколько медленней дельты.